На первоначальное оборудование Зоологического Института было ассигновано из капитала Сибирякова 6000 рублей. В последующие годы, в течение 25 лет существования Института, на содержание кабинета и музея было израсходовано штатных сумм 19 600 и дополнительно ассигнованных в разное время 5216 р. 26 коп., следовательно, всего на содержание Института было израсходовано 30. 816 р. 26 к.
В числе объектов имеются:
- Богатая коллекция шкурок млекопитающих и птиц из окрестностей Кульджи и Кашгара, пожертвованная бывшим степным генерал-губернатором И. А. Колпаковским.
- Коллекция беспозвоночных животных Северного Ледовитого океана, собранная Норденшильдом и пожертвованная А. М. Сибиряковым.
- Коллекция раковин моллюсков профессора Траутшольда (1899).
- Коллекция чешуекрылых (свыше 3000 экземпляров) из разных местностей Российской Империи, пожертвованная В. М. Сидоровым (1888).
- Коллекция чешуекрылых северной Скандинавии, собранная Густавом Норденшильдом и принесенная в дар, после его смерти, его вдовой в 1898.
- Коллекция чешуекрылых окрестностей г. Томска, собранная и пожертвованная зоологическому Институту в 1905 году ассистентом его доктором медицины С. М. Чугуновым.
- Коллекция различных животных, собранных профессором нашего университета В. В. Сапожниковым во время его многочисленных экспедиций по Алтаю и прилежащим странам.
- Коллекция позвоночных животных, собранная во время экспедиций профессором Н. Ф. Кащенко.
- Коллекция позвоночных животных, преимущественно птиц, консерватора музея Г. Э. Иоганзена, из Кулундинсытой степи и Акмолинской области.
- Коллекция рыб и других животных, присланная профессором М. Д. Рузским, в бытность его в Казани, в 1901 году.