Основание ботанического музея было заложено коллекциями хранителя ботанического кабинета- П. Н. Крылова, собранными в окрестностях Томска и некоторых других местах Томской губернии, а так же и дубликатами его прежних сборов в губерниях Пермской, Казанской, Вятской, Самарской, Нижегородской, Владимирской.
Затем стали поступать коллекции от разных лиц и учреждений в Сибири, которым ботаническим музеем были разосланы печатные экземпляры приглашений содействовать развитию музея. Впоследствии, когда Университетом были организованы научные экскурсии, музей стал быстро пополняться обширными сборами, главным образом в пределах Томской губернии, преимущественно с Алтая, из северной Монголии с Урянхайской земли, Семипалатинской и Семиречинской области, Тобольской, Енисейской губернии, и из других мест, — сборами, произведенными П. Н. Крыловым, В. В. Сапожниковым, В. И. Верещагиным, А. П. Выдриным, А. Н. Молотиловым, А. И. Иваницкой, Г. А. Сычинским, В. К. Шишкиным, П. П. Орловым, В. Ф. Семеновым, В. И. Рафаэлевым, В. С. Титовым, так же путем обмена, а равно и покупкой некоторых коллекций.
Основанием коллекции живых растений в оранжереях послужило довольно значительное количество экземпляров, пожертвованных ботаническим садом Казанского Университета и привезенных в Томск П. Крыловым.